Balai Besar Survey dan Pemetaan Geologi Kelautan (BBSPGL) dimulai dengan dibentuknya Seksi Geologi Marin dan Seksi Geofisika Marin pada Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi (P3G) tahun 1979. Pada tanggal 6 Maret 1984 kedua Seksi tersebut kemudian ditingkatkan menjadi Pusat Pengembangan Geologi Kelautan (PPGL) di bawah Direktorat Jenderal Geologi dan Sumber Daya Mineral berdasarkan SK Menteri Pertambangan dan Energi No. 1092 Tahun 1984.

Pada awal berdirinya, PPGL didukung oleh empat bidang teknis, yaitu : Bidang Geologi Kelautan, Bidang Geofisika Kelautan, Bidang Sarana Operasi Kelautan, Bidang Manajemen Informasi dan Bagian Umum, dengan jumlah sumber daya manusia 164 orang. Sarana dan prasarana yang dimiliki sebagian berasal dari P3G.