Sejarah Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Kelautan (PPPGL) dimulai dengan dibentuknya Seksi Geologi Marin dan Seksi Geofisika Marin pada Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi (P3G) tahun 1979. Pada tanggal 6 Maret 1984 kedua Seksi tersebut kemudian ditingkatkan menjadi Pusat Pengembangan Geologi Kelautan (PPGL) di bawah Direktorat Jenderal Geologi dan Sumber Daya Mineral berdasarkan SK Menteri Pertambangan dan Energi No. 1092 Tahun 1984.
Pada awal berdirinya, PPGL didukung oleh empat bidang teknis, yaitu : Bidang Geologi Kelautan, Bidang Geofisika Kelautan, Bidang Sarana Operasi Kelautan, Bidang Manajemen Informasi dan Bagian Umum, dengan jumlah sumber daya manusia 164 orang. Sarana dan prasarana yang dimiliki sebagian berasal dari P3G. Dalam perjalanannya, PPGL telah membangun Kapal Peneliti Geomarin I dan memiliki berbagai peralatan survei pantai. Kapal Peneliti Geomarin I diopeasikan untuk mendukung kegiatan pemetaan geologi kelautan bersistem skala 1:250.000 di perariran dangkal. Peralatan survei pantai dioperasikan untuk mendukung kajian geologi kelautan tematik di kawasan pesisir. Selanjutnya berdasarkan SK Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral No. 150 Tahun 2001, PPGL dimekarkan menjadi Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Kelautan (PPPGL) di bawah Badan Litbang Energi dan Sumber Daya Mineral.
Pada era tersebut PPPGL berkembang dengan semangat menuju kemandirian, sejalan dengan lingkungan strategis globalisasi, AFTA, perkembangan industri kelautan yang pesat, Otonomi Daerah dan kemitraan. Peraturan Menteri ESDM No. 0030 Tahun 2005 mengukuhkan kembali PPPGL sebagai penunjang dalam upaya meningkatkan investasi sektor ESDM terutama penyediaan data klaim atas wilayah landas kontinen, dan peningkatan status cekungan migas di laut. Sesuai dengan tugas dan fungsinya, PPPGL mempunyai tugas melaksanakan litbang bidang geologi kelautan di seluruh wilayah Laut Indonesia dalam rangka menunjang pembangunan Sektor Energi dan Sumber Daya Mineral.
Untuk melaksanakan tugas tersebut prioritas pokok kegiatan adalah melakukan pengembangan litbang di kawasan pantai dan laut, pengembangan kelembagaan menuju kemandirian dan pengembangan pelayanan jasa riset dan teknologi.Penyelidikan dan pemetaan geologi kelautan pada dekade terakhir ini makin ditingkatkan terutama pada pencarian sumber daya mineral yang bernilai strategis dan ekonomis dalam menunjang pembangunan nasional. Hal ini sehubungan dengan makin terbatasnya sumber daya mineral dan energi di darat. Kegiatan tersebut merupakan perwujudan akan tanggung jawab pemerintah dan negara dalam menggali potensi sumber daya mineral dan energi yang terdapat di dasar laut, mulai kawasan pantai, perairan pantai hingga ke batas terluar Landas Kontinen termasuk Zona Ekonomi Eksklusif.