Indonesia merupakan negara kepulauan yang memiliki potensi sumber daya geologi kelautan yang cukup potensial. Oleh sebab itu misi utama dari PPPGL adalah melakukan pemetaan geologi diseluruh perairan Indonesia, terutama yang berpotensi sumber daya mineral dan energi. Jika potensi ini telah terpetakan secara akurat, maka dapat dijalin kemitraan dengan berbagai pihak terutama investor dalam rangka mengeksporasi dan eksploitasi sumber daya tersebut. Kerjasama dengan mitra-mitra strategis telah dijalin dalam rangka mendorong percepatan tumbuhnya PPPGL menjadi instansi yang mandiri, profesional dan andal. Hal ini menjadi sebuah tantangan yang besar.Sikap optimis bahwa kelak investasi di sektro kelautan akan menjadi primadona di Nusantara terus dibandung. Salah satu penelitian unggulan yang telah dilakukan PPPGL adalah identifikasi potensi sumber daya gas biogenik yang berasal dari tumbuhan rawa yang tertimbun pada sungai-sungai purba, atau dapat pula merupakan rembesan dari sumber daya hidrokarbon dibawahnya. Gas biogenik ini umumnya mengandung gas methan yang merupakan bahan bakar gas yang ramah lingkungan. Kelak diharapkan bahwa gas biogenik ini dapat menjadi salah satu sumber energi alternatif untuk digunakan di wilayah-wilayah pantai yang terpencil.

Penelitian lain yang tengah dikembangkan adalah identifikasi mengenai mineral-mineral ikutan yang terkandung pada pasir laut. Dalam hal ini para ahli PPPGL mengidentifikasi mineral-mineral ekonomis yang terikut pada eksport pasir laut dari Perairan Riau, bahkan telah ditemukan pula adanya mineral-mineral yang mengandung unsur radioaktif seperti zircon, rutil dan thorium pada contoh-contoh pasir laut. Tentu saja, jika mineral yang mengandung unsur-unsur radioaktif ini diberlakukan sebagai komoditi mineral lainnya,
maka akan meningkatkan nilai jual pasir laut itu sendiri.

Sebagai instansi pemerintah, PPPGL juga memiliki peran penting dalam merumuskan kebijakan-kebijakan dalam pengelolaan sumber daya dasar laut, penentuan batas wilayah laut, konservasi terumbu koral serta pulau-pulau kecil, ataupun sebagai penyedia data bagi desain pembangunan infrastruktur seperti platform pemboran lepas pantai, kajian pembangunan jembatan (large scale bridge) proyek Tri Nusabakti, terowongan bawah laut, ataupun peletakan pipa/kabel di dasar laut. Selain itu, telah dilakukan pula penelitian kemitraan dengan pihak Pemerintah Jerman yang diarahkan pada identifikasi potensi mineralisasi emas, perak dan tembaga di kawasan yang berpotensi hidrotermal di sekitar gunungapi bawah laut Komba Nusa Tenggara Timur.

Dengan diterapkannya konsep otonomi daerah, PPPGL dapat mempelopori dibentuknya instansi-instansi penelitian serupa di berbagai pelosok daerah, khususnya daerah yang mempunyai pantai, agar daerah tersebut dapat mengembangkan sendiri potensi laut di daerah kewenangannya, sehingga kegiatan litbang kelautan ini tidak terpusat di satu tempat saja. Dengan berdirinya lembaga-lembaga penelitian di berbagai daerah maka akan mendorong peningkatan sumber daya manusia di daerah. Dengan berkembangnya lembaga-lembaga litbang di daerah, maka akan semakin banyak tenaga-tenaga ahli yang berkiprah di daerah, yang secara tidak langsung akan merangsang investasi di daerah.

Dengan diberlakukannya pasar bebas AFTA maka akan semakin banyak perusahaan atau pun profesional asing yang akan berkompetisi di Indonesia. Salah satu langkah antisipasi yang akan dilakukan adalah upaya memberikan sertifikasi bagi tenaga ahli dan akreditasi bagi fasilitas kerja yang dimiliki agar kemampuannya diakui secara internasional. PPPGL telah memperoleh sertifikasi standar manajemen ISO 9001:2000 sejak bulan Maret 2005.

Meski persaingan dalam pelayanan jasa geologi kelautan di dalam negeri belum begitu besar, namun langkah antisipasi harus dilakukan. Hingga saat ini PPPGL masih merupakan satu-satunya instansi yang berperan ganda yaitu melaksanakan misi pemerintahan dan memberikan layanan jasa litbang geologi kelautan dan sebagai lembaga pengguna PNBP (Pendapatan Negara Bukan Pajak).